Créé le 30 juin 1616 par une ordonnance du duc de Savoie Charles Emmanuel 1^er, le village de Fontan porte un nom évoquant les sources fraîches qui l'alimentent. Son implantation en fond de vallée devait lui permettre de développer le commerce et le maraîchage. Cependant, si le village était bien placé pour une activité commerciale, il était très mal situé, sur une route d'invasion des armées vers le Piémont. Cette commune rattachée à Saorge devint autonome en 1871. Dans un premier temps, Fontan a beaucoup souffert lors de la Seconde Guerre mondiale : occupé dès 1940 par les Italiens, sa population civile a été déportée par les Allemands jusqu'à Turin entre décembre 1944 et avril 1945. Aujourd'hui, le village abrite environ 400 habitants et vit de l'agriculture locale et du commerce de passage.