Contrairement à bien des villes libres de la région, Molsheim appartenait à l'évêché, de sorte que lorsque Strasbourg passa à la Réforme, Molsheim devint le bastion de l'église catholique dans le Bas-Rhin. Les Jésuites y fondèrent un Collège réputé, qui reçut en 1617 le titre d'Université. La ville perdit de son importance après la restitution du culte catholique à la cathédrale de Strasbourg par Louis XIV. On remarquera les restes de fortifications Rue de l'Hopital, la porte des Forgerons, la Metzig et son horloge à Jacquemarts, les belles maisons à pans de bois des XVI^e et XVII^e siècles, le prieuré des Chartreux, l'église des Jésuites, le château d'Oberkirch. La gloire de Molsheim revint lorsqu'elle devint, à partir de 1910, le berceau des prestigieuses voitures Bugatti. L'usine produit aujourd'hui la sublime Veyron, voiture la plus chère au monde. En septembre, collectionneurs et spectateurs du monde entier se retrouvent à Molsheim le temps d'un festival autour de ces monstres de mécanique.