Le parc de Pongara borde la rive gauche de l'Estuaire depuis la Pointe Denis en descendant quelque peu sur le littoral atlantique. Côté océan, la forêt humide se dresse immédiatement derrière la plage de sable, alors que le long de l'Estuaire, sa végétation, dans la partie intérieure, est essentiellement composée de mangroves maritimes. Entre la pointe Pongara et la pointe Ngombé, on trouve, face à l'océan, une forêt sclérophylle littorale avec une végétation herbacée.
Malgré sa forte fréquentation, le parc abrite encore quelques grands spécimens, comme les buffles et les petits éléphants des forêts (assala), des singes dont le plus commun est le cercopithèque hocheur (avec son nez blanc), le potamochère, le sitatunga, le guib harnaché, le céphalophe bleu, le pangolin et quelques carnivores comme la panthère, le chat doré et des espèces de mangoustes.
De nombreuses espèces d'oiseaux peuvent être observées. Environ 160 espèces forestières y vivent. On sait par ailleurs que le parc abrite des espèces d'amphibiens et de reptiles (tortues, lézards et serpents) en nombre important, même si elles n'ont jamais été précisément répertoriées, ainsi que des poissons de rivières et des crabes de mangroves. On sait également que quatre espèces de tortues marines y sont présentes pendant le cycle de ponte, de la mi-décembre à la mi-février : la tortue olivâtre, la tortue imbriquée, la tortue verte et l'énorme tortue luth, actuellement menacée de disparition.
Chaque année, de novembre à février, ces plages deviennent le sanctuaire de la ponte des tortues luth. On peut les observer la nuit, creusant le sable où elles déposent leurs oeufs dans des nids, facilement repérables aux traces des sillons laissées autour d'un monticule d'un diamètre d'un mètre environ. Deux mois après la ponte, des centaines de petites tortues écloront et rejoindront la mer.

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