En 990, première mention de l'agglomération. En 1103, une cité plus importante se développe autour du lieu de culte. Au XII^e siècle s'élève à proximité de l'église une forteresse sur l'emplacement de la future demeure des ducs de Bourbon. En 1232, Archambaud VIII octroie à la ville une charte de franchise, qui confirme les privilèges et les libertés concédés par Archambaud VII et mentionne l'existence de marchés et de foires. Moulins devient capitale du duché sous le principat de Louis II qui développe l'administration ducale et agrandit le château. Dès le Moyen Age, les faubourgs s'agrandissent. Au XVI^e siècle, le duché est réuni à la couronne de France et les officiers ducaux passent dans le domaine royal. Aux XVII^e et XVIII^e siècles, de nombreuses communautés religieuses s'y installent, jacobins, visitandines, jésuites, et les constructions médiévales se transforment en hôtels particuliers. Cet épanouissement de la ville nécessite la construction d'une seconde enceinte. Au XVIII^e siècle, les fossés sont comblés, l'enceinte détruite est remplacée par une ceinture de cours et de boulevards, et la construction d'un pont met fin aux préoccupations de franchissement de l'Allier. Depuis 1800, Moulins est le chef-lieu du département et siège d'un évêché depuis 1823. Au début du XX^e siècle, les arts de la Belle Epoque s'illustrent dans les décors, les cafés, les façades des magasins et les maisons. La municipalité attribue également de nouvelles fonctions à des bâtiments comme la caserne Villars, transformée en Centre national du Costume de Scène.