Village traversé par le Gave de Pau, l'histoire de Baudreix est associée à une légende. Au XVI^e siècle, des moines venus s'isoler dans la ville ont été massacrés par les soldats de Jeanne d'Albret, reine de Navarre. Ces moines auraient refusé de se convertir au protestantisme. Vraie ou non, cette histoire est révélatrice des exactions des armées protestantes dans tous les villages de la région.

Fait totalement réel cette fois, en 1772 Baudreix est dévasté par une crue du gave de Pau. Les habitants, obligés de tout reconstruire, ont choisi la hauteur pour éviter à nouveau ce genre de catastrophe. Cependant la rivière, bien que dangereuse, est restée longtemps une source majeure d'activités économiques avec l'installation d'un moulin, d'une filature et d'une scierie au XIX^e siècle. Tous seront détruits par d'autres crues. Il faut attendre la deuxième moitié du XX^e siècle pour que des mesures soient prises : le gave est enroché pour être stabilisé. Par la suite, un ancien bras de la rivière est transformé en lac. C'est à cet endroit qu'a été installée la base de loisir, aujourd'hui principale source d'activité du village.