Difficile de ne pas en repartir comblé, même lorsque les attentes s'avèrent longues. Car la ville a conservé un aspect profondément médiéval, par ses édifices et son tissu urbain. Le plan d'ensemble de la ville romaine fut presque entièrement revu lors des reconstructions du Moyen Age. Une fascinante succession de terrasses scande la montée vers le sommet de la colline où se dresse Assise. Ainsi une structure défensive très impressionnante marque le coeur ancien de la ville auquel on accède par huit portes fortifiées et qui permettent de découvrir deux palais  : la Rocca Maggiore, reconstruite en 1367, et la Rocca Minore. Des milliers de pèlerins et de touristes visitent la ville chaque année afin de mieux approcher la révélation de saint François et tous découvrent des édifices religieux dédiés à d'autres saints.
Entre le XI^e et le XIV^esiècle, Assise vécut sa plus grande période de gloire. Les bénédictins qui s'y étaient installés commencèrent à édifier de nombreux monastères. En 1206, un jeune homme d'Assise, Francesco di Pietro di Bernardone, abandonne la vie laïque pour fonder un nouvel ordre, le franciscanisme, où la pauvreté devient la première valeur chrétienne. Il obtient des moines bénédictins une petite chapelle dans le fond de la vallée. Deux années après sa mort, survenue en 1226, Francesco est canonisé, et l'on commence à construire la basilique qui lui sera consacrée.
En 1253 mourait l'autre grand personnage de l'histoire d'Assise, sainte Claire, disciple de saint François et fondatrice de l'ordre des Clarisses. On lui consacra aussi une église, dont la crypte conserve son corps depuis 1260. A cette époque, Assise connaît un grand essor architectural d'ouvrages religieux et civils. Giotto et ses élèves participent les premiers à la décoration de la basilique, Pietro Lorenzetti, Stefano Fiorentino et Simone Martini leur succèdent.
Le tourisme de masse a tendance à transformer le centre historique en ville-musée. Elle a été durement touchée par le tremblement de terre qui a ravagé la région en 1997, et détruit en partie la basilique. Depuis, la ville sainte d'Assise ne porte plus les traces de ce tremblement de terre, et la restauration des monuments a été réussie.