À une heure de route à l'est de Mérida, Izamal est une halte incontournable : c'est à la fois l'un des plus beaux villages du Yucatán, mais aussi un condensé architectural de l'affrontement entre les cultures maya et espagnole qui eut lieu après la conquête : six vestiges archéologiques sont éparpillés au coeur même du village, alors que l'imposant couvent San Antonio de Padua trône en son centre. Le " lieu des collines " fut durant la période classique un centre cérémonial très important. Selon la légende, la cité fut fondée par le dieu céleste Itzamná. Son corps se divisa en trois et chacune des parties fut enterrée sous l'une des trois collines de la ville. Sur chacune d'entre elles, furent élevés des temples, dont le plus important était dédié au dieu-soleil Kinich Kakmó, " l'oiseau de soleil au visage flamboyant ". Lorsque les Espagnols conquirent la cité vers 1540, beaucoup de constructions mayas furent rasées pour bâtir une nouvelle ville, en accord avec les canons architecturaux européens. Le temple de Pap-Hol-Chac, notamment, fut abattu pour édifier le couvent de San Antonio de Padua (1553-1561), qui possède le plus grand atrium du monde après celui de Saint-Pierre-de-Rome. La structure, peinte en ocre, compte soixante-quinze arcades. Néanmoins, certains temples préhispaniques survécurent dans l'arrière-cour des maisons ou au sommet des collines, si bien qu'aujourd'hui, les pyramides mayas coexistent à côté des bâtiments coloniaux et des constructions modernes. C'est pour ça qu'Izamal est surnommée " la ville des trois cultures ", mais elle est surtout connue comme la " ville jaune " puisque toutes ses maisons sont peintes de jaune et blanc, en écho à la visite du pape Jean-Paul II en 1993.