Bagamoyo a été pendant longtemps le lieu principal du trafic d'esclaves, pratiqué par les Arabes en Afrique de l'Est. De nombreuses caravanes y accompagnaient les malheureux qui avaient survécu à des marches exténuantes et qui y étaient vendus, échangés et envoyés sur les îles. Les Arabes shiraz (de Perse justement) arrivèrent sur ce point de la côte au XIII^e siècle et s'établirent à 5 km au sud de la ville actuelle, à Kaole : ils y bâtirent d'assez importantes constructions. Malgré l'influence croissante, puis l'établissement du sultanat d'Oman à Zanzibar, Bagamoyo resta un port d'une certaine importance, grâce au commerce (esclaves, ivoire...) avec cette île. C'est également de Bagamoyo que partirent les expéditions de Livingstone, Burton, Speke, Stanley et Grant. En 1868, les pères spiritains s'y établirent, avec l'accord du sultan de Zanzibar, et construisirent une importante mission, qui vaut vraiment la peine d'être visitée. Les missionnaires y installèrent un orphelinat pour les enfants d'esclaves et rassemblèrent de nombreux affranchis. Par la suite, ces derniers étant les seuls chrétiens sur cette côte musulmane, ils ne voulurent pas être reconnus comme anciens esclaves et un grand nombre se convertit à l'islam. La prospérité de la mission attira les Allemands, à la recherche de colonies.

Bagamoyo fut au début le lieu de départ des expéditions allemandes et la base de leur contrôle sur la côte. En 1889, un chef local, Abushiri, du village de Nzone, à 10 km au nord, dirigea une révolte, mais fut battu au bout de quelques mois par les troupes soudanaises et zoulous des Allemands, et pendu à Pangani. Peu de temps après, les Allemands signèrent un accord avec le sultan : l'Afrique de l'Est devenait une colonie de droit. La ville fut par la suite délaissée par les Allemands, qui firent de Tanga leur capitale. Bagamoyo est donc une ancienne ville coloniale, qui a gardé pas mal de charme malgré le délabrement assez avancé de ses bâtiments. Les rues du village sont ponctuées d'anciennes maisons coloniales. Nombre d'entre elles, notamment les plus pauvres, ont de belles portes sculptées. Quand l'enfant du pays, Jakaya Mrisho Kikwete, est devenu en décembre 2005 (et jusqu'en 2015) le président de toute la nation, l'asphalte est venu, comme par enchantement, garnir les chaussées de la cité.

A partir de Bagamoyo, on peut explorer un peu la belle rivière Ruvu et aller observer, avec un masque et des palmes, les nombreux poissons de l'îlot de Mambakuni. Profitez de la côte pour déguster des crevettes, présentes en abondance.