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Dans une grotte proche de Pula (Sandalja) mais aussi à Koper, les résultats de fouilles archéologiques attestent la présence de l’homme en Istrie dès la période paléolithique. Des outils, des céramiques et divers objets usuels retrouvés ont aussi renseigné sur la vie des chasseurs-cueilleurs et pêcheurs du néolithique (6000-2000 av. J.-C.).

À l’âge du bronze, les primo-habitants sédentaires sont des tribus indo-européennes qui vont s’installer sur l’actuel territoire croate. Les Illyriens, les Dalmates, les Liburnes et les Histres colonisent la côte et les archipels. Ces derniers ont légué leur nom à la péninsule.

Après une première incursion sur la côte orientale de l’Adriatique, les Romains doivent affronter les Illyriens sur leurs terres (Histria, Liburnia, Dalmatia). Ces guerres d’Illyrie correspondent à trois campagnes militaires distinctes, l’une contre la reine Teuta, la deuxième contre l’aventurier Démétrios de Pharos et la dernière contre le roi Gentius.

Sur les rives est de la mer Adriatique, les premières conquêtes romaines ont commencé au III^e siècle av. J.-C., après une courte colonisation grecque. Une dixième région administrative (regio X Venetia e Histria) est créée, en 7 av. J.-C. Suit une longue période de colonisation romaine, jusqu’à la division en deux de l’empire latin, sous Dioclétien.

Le territoire de l'actuelle Croatie voit l’effondrement de la civilisation romaine en Occident, à laquelle succède l’Antiquité tardive, une époque faste pour la région Histria, dominée par l’Empire romain d’Orient (byzantin). La péninsule se pare de superbes édifices religieux.

À partir du VII^e siècle, la région est plusieurs fois pillée par des pirates slaves (ancêtres des Slovènes et des Croates) et magyars. Le village de Sipar (Umag) est détruit, ce qui touche directement à l’autorité de Basile I^er, empereur romain d’Orient au IX^e siècle. L’Empire parviendra plus tard à rattacher ces peuples à la Dalmatie byzantine.

La partie sud-ouest, à majorité italienne, reste byzantine. La moitié nord-est, principalement peuplée de Slovènes et de Croates, devient un margraviat (marquisat) autonome dans l’empire germanique (carolingien).

Au début du XV^e siècle, toute la côte adriatique, la plupart des cités-États dalmates et la moitié sud-est de l'Istrie tombent sous la domination vénitienne tandis que l’on voit les premiers Habsbourg pénétrer la moitié nord-ouest et l'intérieur de la péninsule istrienne. Pour la Sérénissime, gagner du terrain dans ces eaux territoriales était le moyen de maîtriser les routes commerciales, entre Orient et Occident, tout en se constituant une formidable source de revenus. Les ports (Pula, Poreč, Rovinj) acceptent le protectorat militaire afin de limiter les débordements hongrois. Mais les cités doivent aussi céder leurs terres environnantes.
À partir du XIV^e siècle, la cité des doges applique une véritable « vénitisation » du littoral istrien, tant sur le plan politique et éco-maritime qu’artistique. Durant ces quatre siècles, les caractères linguistiques et culturels de l'Italie influencent durablement le paysage et les hommes. Tout le long de la côte, Venise choisit des sites surélevés, des presqu'îles pour y bâtir les bourgs portuaires, surmontés du traditionnel campanile, qui se signale de loin. Cette colonisation, à son apogée du XVI^e au XVIII^e siècle, laisse derrière elle une urbanisation organisée (remparts, fortifications, pavement), un raffinement dans l’architecture et l’art civil et religieux.

Après la chute de la République de Venise en 1797, l’Istrie et la Dalmatie changent de tutelles. Successivement, les deux régions seront rattachées à l’empire des Habsbourg, au royaume napoléonien d’Italie puis aux Provinces illyriennes de l’Empire français.

L’incursion du régime de Napoléon Bonaparte fut de courte durée en Croatie, mais pourtant pleine de répercussions. À l'issue des deux campagnes de Dalmatie, l’empereur français concède à l’Autriche les possessions du sud de l’Adriatique et fonde, en 1809, les Provinces illyriennes (Istrie, Kvarner, Dalmatie, baie de Kotor). Au congrès de Vienne en 1815, l’Autriche récupère des parties de l’Istrie et de la Dalmatie qui appartenaient à Venise. Les Autrichiens reprennent les ports de Pula et Rijeka, y construisent des chantiers navals pour leur arsenal de guerre et tracent de nouvelles routes pour relier les infrastructures maritimes aux capitales (Vienne, Budapest, Zagreb).

L’Italie, qui s’était alliée à la Prusse, perd la bataille navale de Lissa (île de Vis) mais récupère la Vénétie, ce qui rapproche le littoral autrichien, avec Trieste comme chef-lieu, de la frontière istrienne. Cette zone côtière autrichienne (Küstenland) regroupait le comté princier de Görz (actuel Frioul italien), celui de l’Istrie jusqu’à Fiume (Rijeka) et incluait le golfe du Kvarner et ses grandes îles.

Au sein de la double monarchie austro-hongroise, l’union des pays limitrophes donne naissance au royaume des Serbes, des Croates et des Slovènes. Sous le règne de Pierre I^er de Serbie, les royaumes de Serbie et du Monténégro sont fusionnés avec les populations slovènes et croates. Sous Alexandre I^er, il est rebaptisé royaume de Yougoslavie le 3 octobre 1929, mais le 9 octobre 1934, le roi est assassiné à Marseille par Ante Pavelić, chef des Oustachis croates.

À la fin de la Première Guerre mondiale, un traité paix est signé entre l’Allemagne et les Alliés. Des sanctions contre l’Allemagne et ses alliés de l’Axe sont prises, ce qui entraîne des remaniements territoriaux et la dislocation des Empires allemand, austro-hongrois et ottoman.

D’importants territoires croates ont été attribués à l’Italie, dont l’Istrie mais pas Fiume, qui revient au royaume des Serbes, des Croates et des Slovènes. En réaction, l’écrivain militaire italien, le fasciste Gabriele D’Annunzio, occupe la ville avec ses milices près d’un an.

Le royaume d’Italie et le royaume des Serbes, des Croates et des Slovènes signent un traité, qui vise à assurer l’indépendance de Fiume, reconnue par les États-Unis, la France et le Royaume-Uni. Le micro-État libre ne tiendra que jusqu’au 3 mars 1922, date à laquelle il sera renversé par un coup d’État puis annexé à nouveau par l’Italie.

Après l’invasion allemande de la Yougoslavie en avril 1941, l’Istrie et une large partie de la Dalmatie sont annexées par l'Italie de Mussolini. Les forces de l’Axe installent des régimes satellites, en Croatie notamment. À Zagreb, le pouvoir est confié aux ultranationalistes oustachis. C’est le retour triomphant d’Ante Pavelić, qui met en place une politique de persécution des opposants politiques (serbes, antifascistes, communistes croates). Il introduit des lois raciales contre les Juifs et les Tziganes, ouvre des camps de déportation et/ou de concentration. Cette guerre fit près de 300 000 morts en Croatie. À l’été 1941, la résistance croate, alliée aux Tchetniks (parti monarchiste de Yougoslavie), s’organise. Certains Partizan antifascistes ont pour chef le communiste Josip Broz, dit Tito. En juin 1943, le maquis croate se dote d’un état-major civil, qui deviendra l’État fédéré de Croatie (Federalna Država Hrvatska).

Après la Seconde Guerre mondiale, Tito prend la tête de six républiques (Slovénie, Croatie, Serbie, Bosnie-Herzégovine, Monténégro et Macédoine) et deux régions autonomes (Kosovo et Voïvodine). L’Istrie est revendiquée par la Yougoslavie et l’Italie.

Début 1946, la République populaire fédérale de Yougoslavie (RPFY) édicte sa Constitution. Elle reprend les principes fondateurs du modèle totalitaire de l’Union soviétique stalinienne. C’est la fin de la monarchie et le début d’un système qui admet l’intervention de l’État dans tous les domaines (économique, politique, social et culturel).

Sous contrôle de l’Onu, le traité de Paris crée ce territoire, ce qui aura pour conséquence de couper la ville en deux : l’une anglo-américaine, avec une majorité d’Italiens (zone A), l'autre yougoslave (zone B), incluant la ville de Capodistria (Koper), avec des Italiens, des Slovènes et des Croates. Mais une grande partie de la population de la zone B abandonne cette région, poussée par la terreur communiste et les massacres des foibe.

L’évocation de cette période de terreur, menée par les partisans communistes de Tito contre des opposants politiques, soldats et civils fascistes, en majorité italiens, reste un sujet sensible, encore aujourd’hui, entre l’Italie et la Croatie. Ces exécutions de masse se sont déroulées après la signature de l’armistice en 1943, consécutive au départ de Mussolini. Des milliers de personnes ont été tuées dans les territoires istriens, les corps parfois vivants jetés dans de profondes fosses naturelles karstiques (foibe). Près de 250 000 exilés ont fuit la région. Le film Rosso Istria, réalisé par Maximiliano Hernando Bruno (2017), raconte ces faits historiques, longtemps commémorés par les seuls néofascistes. Il a provoqué de fortes réactions sur les réseaux sociaux entre l’extrême droite et les autres partis italiens. Désormais, en Italie, le 10 février est institué journée de mémoire pour les victimes des foibe.

La Slovénie dispose désormais d'une ouverture sur la mer Adriatique comprenant la zone littorale du sud. Appartenant à la Croatie pour 90 % de son territoire, l’Istrie est toujours revendiquée par l’Italie, qui ne gardera que Trieste, coupant du même coup la ville de son arrière-pays.

Fondé sur l’autogestion, la décentralisation, l’assouplissement du collectivisme et de la planification, le mouvement des non-alignés s’instaure par la déclaration de Brioni sur la plus grande île de l’archipel istrien, au large de Pula. Dans sa résidence insulaire, Tito invite les dirigeants signataires Nehru et Nasser (Inde et Égypte). Il les engage à se protéger de l’influence des États-Unis et de l’URSS, alors en pleine guerre froide.

L'Italie et la Yougoslavie se sont entendues sur des limites maritimes. Après 1992, ces frontières en mer, cernant des zones de pêche, seront reconnues par les États nés de la dislocation de la Yougoslavie : la Slovénie, la Croatie, la Bosnie-Herzégovine, puis le Monténégro.

Après la mort de Tito (4 mai 1980), le système de présidence alternée, tous les quatre ans, ne satisfait pas les parlementaires, ne résout ni les problèmes nationaux ni les inégalités politico-économiques. Moteurs économiques, la Croatie et la Slovénie revendiquent une plus forte représentativité aux assemblées centralisatrices de Belgrade. En mai 1989, la prise de pouvoir de Slobodan Milošević relance la bataille pour la Grande Serbie. Milošević, l’ultranationaliste, abolit l’autonomie du Kosovo et de la Voïvodine, place ses partisans à la tête du Monténégro. En somme, il veut contrôler toutes les autorités yougoslaves. Le 30 mai, les élections présidentielles croates sont remportées par Franjo Tuđman, ancien général de l’armée des partisans. Trois mois plus tard, des Serbes de Croatie autoproclament la République autonome de Krajina. Le 13 juin 1991, l’armée yougoslave (JNA), dont l’état-major est désormais uniquement composé de militaires serbes, lance une première attaque sur la Croatie, alors que le Parlement de Zagreb déclare la souveraineté et l’indépendance nationale. Très vite, un quart du pays tombe aux mains des Serbes. Des terroristes serbes, infiltrés en Croatie et soutenus par la JNA, font des raids meurtriers dans les régions de la Lika, du Kordun, de la Banija et en Slavonie orientale. Les combats font rage dans la ville de Vukovar, les massifs du Dinara-Velebit, dans la région de Krajina. Les conflits verront s’opposer Croates, Serbes et Bosniaques, ces derniers étant appuyés par des milices djihadistes venues de l'étranger. Zadar, Šibenik et Dubrovnik ont subi des tirs de roquettes et des bombardements. La chute de Vukovar, le 18 novembre 1991, est un vrai massacre. Plusieurs centaines de personnes sont tuées, au moins 20 000 civils déplacés. Le 14 décembre 1995, les accords de Dayton, signés avec les Serbes et les Bosniaques, mettront fin aux conflits qui auront fait près de 15 000 morts et 50 000 blessés dans l’ex-Yougoslavie.

La région Istrie n’a pas été touchée par les tirs. Son économie a cependant connu une forte récession suite à la chute brutale du tourisme. La région a participé à l’effort de « guerre pour la patrie ». Il y a eu un vrai élan de solidarité. Des complexes hôteliers sur son littoral, des casernes et des résidences secondaires furent réquisitionnés pour accueillir temporairement une masse considérable de réfugiés et d'exilés fuyant les villes croates assiégées. Des entreprises istriennes ont aidé à la reconstruction d’infrastructures croates sur le territoire.

Les deux républiques deviennent indépendantes. Tout en conservant les frontières yougoslaves internes de l’Istrie (1954), les deux nouvelles démocraties seront reconnues par la communauté internationale. La Croatie rejoint les rangs de l’Onu et retrouve l’intégralité de son territoire en reconquérant la Slavonie à l’est.

La République de Croatie participe à ce pacte d’entente entre pays de la zone. Il vise à aider les États limitrophes dans leurs plans de réformes démocratiques et économiques. L’entrée de la Croatie dans l’Union européenne est signée en juillet 2013. Parallèlement, les résurgences identitaires en Istrie sont toujours présentes. Le parti Euroregion Istria fait toujours parler de lui. Il œuvre pour la fusion Istrie croate-Italie du Nord-Slovénie.

À l'issue du second tour, Zoran Milanović, ancien Premier ministre social-démocrate, arrive en tête avec 52,7 % des voix, devant la présidente sortante Kolinda Grabar-Kitarović. Ce scrutin ramène les socialistes au pouvoir mais a vu la montée du national-populisme avec le bon score du chanteur Miroslav Škoro (24,45 % des voix au premier tour).

Premiers cas confirmés à Zagreb. Après des mois de restrictions sanitaires en Europe, la Croatie veut sauver sa saison touristique estivale 2020. Avec la mise en place d'un protocole sanitaire (Free Covid), elle réussit mieux que son voisin italien à maintenir la pandémie avec seulement 50 cas de Covid pour 100 000 habitants et 25 % de sa population vaccinée. Elle active, à l’entrée sur son territoire, le dispositif européen (tests PCR). Les autorités locales ouvrent même des centres de vaccination sur les sites touristiques.

Un séisme de magnitude 5,3 frappe la Croatie, c'est le plus fort ressenti depuis cent quarante ans, qui fera d'énormes dégâts matériels dans le nord du pays et dans la capitale, où des immeubles civils mais aussi des monuments historiques et des musées sont partiellement détruits.

L’invasion de l’Ukraine par la Russie est lancée. En mars, un drone militaire de reconnaissance, de fabrication soviétique, s’écrase dans un parc à la périphérie de Zagreb. Le Premier ministre, Andrej Plenković, déplore les défauts de réaction dans l’espace aérien de l’Otan et appelle au « renforcement de la coopération » des pays membres. Son gouvernement débloquera au printemps 2022 des aides financières (66 milliards d'euros d'argent public) pour l’accueil de réfugiés ukrainiens et pour lutter contre la hausse des prix de l’énergie et dans le secteur agroalimentaire.

Le 15 juin 2022, le Premier ministre slovène, Robert Golob, annonce que la clôture à la frontière avec la Croatie sera démantelée. Des barbelés sur quelque 200 km, qui couvraient quasiment un tiers du tracé frontalier, furent érigés pendant la crise migratoire de 2015. À l'époque, plus d’un demi-million de migrants ont traversé la Slovénie via la Croatie pour rejoindre l’Italie ou l’Autriche.

En début d'année, la Croatie a rejoint l’espace Schengen, ce qui normalise les tensions aux frontières avec la Slovénie. Dans le même temps, le pays devient membre de la zone euro, bénéficiant ainsi de l'utilisation complète de la monnaie commune.

Entre juillet et septembre 2024, les élections législatives croates doivent renouveler les membres du Parlement puis, à la fin de l’année, ce sera le premier tour de l’élection présidentielle avec, début janvier 2025, un éventuel second tour.