L'île se situe à 30 km au nord d'Isla Mujeres, où se mêlent les eaux de la mer des Caraïbes et celles du golfe du Mexique. Le récif d'Ixlaché, au sud de l'île, marque le début de la grande barrière de corail mésoaméricaine qui s'étend jusqu'au Honduras. Contoy est une petite île de moins de 9 km de long pour 800 m de large. Pourtant, elle est considérée comme le plus important refuge d'oiseaux des Caraïbes mexicaines, raison pour laquelle elle a été déclarée parc naturel. 152 espèces y ont été répertoriées, parmi lesquelles la frégate, le cormoran, le pélican café, le dindon sauvage, le flamant rose et l'oiseau bobo. La totalité de l'île est encore vierge et on peut apprécier la végétation intacte des mangroves, qui sert de refuge à de nombreuses espèces de reptiles et de mammifères. Les eaux marines sont aussi riches en poissons de toutes sortes, dont le requin-baleine (de juin à septembre) ou la raie manta, et trois espèces de tortues qui viennent pondre sur l'île.