Les abords un peu austères de cette ville côtière témoignent de son passé portuaire et industriel. La ville est connue comme l'ancienne Melphi (ou Melphitica) du Moyen Âge, mais était déjà habitée à l'époque préhistorique comme en témoignent les nombreuses nécropoles, dont celle de Pulo, découvertes dans les environs. Dans le vieux centre, construit sur un promontoire, Molfetta a conservé des vestiges médiévaux, datant de l'époque où la ville abritait un siège épiscopal. Le Duomo est consacré à San Corrado, membre de la maison souabe et oncle de l'empereur Frédéric Barberousse, qui, selon la légende, serait venu dans la grotte de Santa Maria, près de Modugno, pour y mourir.