Avant le remplissage du lac artificiel de Gatún, Barro Colorado était une colline. Les besoins du canal l'ont convertie en île refuge pour les animaux de la vallée inondée. Très rapidement, les biologistes se sont rendu compte de l'importance scientifique de ce sanctuaire tropical. Fondée en 1923, la réserve de Barro Colorado a obtenu le statut de réserve naturelle en 1979, protégeant du même coup les péninsules alentour (Gigante, Peña Blanca, Bohío, Buena Vista et Frijoles), soit plus de 5 400 ha au coeur du lac Gatún. Cet écosystème préservé attire des scientifiques du monde entier qui étudient l'évolution de la faune et de la flore.