À sa manière, ce site est l'équivalent de Cnossos pour une période plus récente de l'histoire crétoise. Fondé probablement à l'époque minoenne, il était sujet de Phaestos, son voisin, à l'époque dorienne et devint un centre commercial important (au VIII^e siècle av. J.-C.) avec un port donnant sur la mer de Libye, Levin (l'actuel Lentas). Il se développa de telle sorte qu'il prit possession de Phaestos au III^e siècle av. J.-C. (ainsi que de Matala qui en était le port) avant que les Romains (en 69 av. J.-C.) n'en fassent la capitale de la Crète et du Cyrenaica (qui gérait également une partie de l'Egypte et du nord de l'Afrique). Gortyne était alors à son apogée. Saint Paul y envoya un de ses apôtres, saint Tite (ou Titus), pour convertir les Crétois, et c'est ici à Gortyne que le christianisme fit son entrée. Lors de l'invasion sarrasine, au IX^e, la ville fut abandonnée. Il reste des ruines disséminées sur une vaste superficie (environ 1 km²), que vous pouvez aisément visiter à pied à partir d'Agia Deka, par exemple.