Vers les IX^e, X^e et XI^e siècles, Bouquelon correspondait à une vaste forêt de hêtres. D'ailleurs, si l'on se réfère à l'étymologie, bóki en vieux norrois (langue scandinave médiévale) se retrouve dans la toponymie de Bouquelon, littéralement " hêtraie ". Une partie de la commune, dite La Vallée, se situe dans le Marais Vernier. Ce lieu-dit correspond à la pente boisée et les cours fruitières, où poussent notamment des pommiers de variétés locales (pomme de Rever notamment), formant comme un cordon périphérique autour de la zone humide du marais. Mais si la commune est aujourd'hui connue, c'est pour son parcellaire, unique en France, qui couvre la partie sud du Marais Vernier. Ces étroites parcelles qui s'étirent jusqu'au coeur du marais forment une Réserve naturelle régionale, appelée Courtils de Bouquelon.