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À l'âge du cuivre, Minorque était déjà habitée, probablement par des populations venant du sud de la France actuelle. C'est en tout cas ce que suggèrent les vestiges mégalithiques de la préhistoire. Des monuments mégalithiques et cyclopéens, correspondant à la préhistoire de l'île, se retrouvent encore aujourd'hui aux quatre coins de l'île (patrimoine protégé par l'UNESCO depuis 2023).

Les premières constructions des talayots marquent le début de ce que nous appelons la culture talayotique, qui se développe à Minorque avec des caractéristiques uniques. Des villes se forment dans lesquelles des tours de pierre sont érigées sans mortier : ce sont des talayots. Jusqu'ici mal organisées, de manière simple, les tribus érigent les premières constructions monumentales.

Les Carthaginois fondent une colonie à Eivissa, mais ne s'installent ni à Minorque ni à Majorque. Ils bâtissent leurs propres villes et fortifications et surtout exploitent les richesses de l’archipel : les marais salants et le murex (mollusque carnassier dont est tirée la pourpre, un colorant très recherché dans l’Antiquité). Ils plantent également des vignes et des oliviers pour produire du vin et de l'huile.

À cette époque, les échanges commerciaux avec le bassin méditerranéen s'intensifient : Grecs et Carthaginois font des haltes aux Baléares pour proposer leurs marchandises. On dit que les Grecs l'appellent alors « île de Meloussa » (« terre de bétail ») tandis que les Phéniciens la nomment « île de Nura » (« terre de feu »), bien que des recherches récentes aient mis en doute le fait que le nom Nura faisait référence à Minorque. En 205 av. J.-C., le général carthaginois Magon Barca passe un hiver avec sa flotte dans le port de Maó et lui aurait donné son nom actuel.

Il ne faut que quelques années aux Romains pour comprendre l'intérêt de Carthage pour les Baléares. En 123 av. J.-C., le consul Caecilius Metellus intègre l'archipel aux territoires de Rome. Il crée Palma et développe le port de Maó, alors nommé « Portus Magonis », qui devient un lieu stratégique en même temps qu'une ville prospère. C'est aussi lui qui fait tracer des voies de circulation à Majorque et Minorque. Néanmoins, l'Empire romain n'a pas laissé de traces profondes de constructions monumentales à Minorque. Il faut dire que 300 ans après s'être installé, l'empire n'est plus que l'ombre de lui-même. Sa chute, vers 476 de notre ère, plonge Minorque et les Baléares dans une période de repli.

L’archipel est dévasté et rattaché en 427 aux terres des Vandales d'Afrique du Nord. Une civilisation paléochrétienne subsiste bon an mal an durant cette période.

Minorque est conquise par Flavius Belisarius, de l'Empire byzantin.

Après la conquête du général Bélisaire (Flavius Belisarius) en 534, sous le règne de Justinien, empereur de Byzance, les Baléares sont intégrées en 553 à l’Empire d’Orient. Au VII^e siècle, les Wisigoths chassent les Byzantins, mais ce sont les Maures qui deviennent rapidement les maîtres des lieux.

Les Arabes font leurs premières incursions dès le VIIe siècle, sans que l’on puisse parler de véritable invasion. Malgré quelques pillages, ils cherchent surtout à commercer, profitant ainsi de la position privilégiée des îles sur les grandes routes maritimes. Charlemagne tente de rétablir durablement une domination chrétienne sur Majorque, mais ses efforts sont réduits à néant en 902, lorsque le calife de Cordoue, Issam al-Jawlani, s’empare sans effort de l’archipel. A sa mort, en 1031, plusieurs suzerains maures d’Espagne se succèdent et entretiennent avec les chrétiens des rapports tolérants. Si aujourd’hui peu de vestiges sont visibles, les apports culturels, techniques (en agriculture notamment) et architecturaux des Maures sont à l’origine d’un sursaut de l’archipel. La passion actuelle des Minorquins pour les chevaux et les très nombreuses fêtes populaires de l'île mettant le cheval à l'honneur est d'ailleurs l'un des effets encore visibles de l'influence des Maures. La ville de Ciutadella, à l'extrême ouest de Minorque, est rebaptisée « Jamma » et devient la capitale de l'île.

Les îles demeurent terres musulmanes, mais pour la première fois depuis des siècles, elles deviennent un royaume indépendant. Entre 1113 et 1114, Ramon Berenguer, comte de Barcelone, très attiré par la situation géographique des Baléares, à la croisée des routes commerciales de la Méditerranée, s’allie à des corsaires de Pise pour occuper Palma. Traînant en longueur, la conquête laisse aux musulmans le temps de se réorganiser, et la tentative de reconquête échoue. L’archipel retrouve sa situation antérieure : la domination arabe.

Animé d’un véritable sentiment de mission divine et profitant des dissensions entre les différents suzerains arabes de la péninsule Ibérique et des Baléares, Jacques I^er d’Aragon (dit Jacques le Conquérant) prend prétexte d’attaques permanentes des pirates arabes contre les bateaux de commerce pour tenter de chasser les musulmans des Baléares. En septembre 1229, il envoie une puissante flotte. Le 9 septembre, le jeune roi (21 ans) sort vainqueur du principal affrontement entre les deux armées. Les Maures se sont toutefois réfugiés à Medina Majorica, le nom arabe de Palma. Jacques I^er devra patienter trois mois. La ville tombe enfin entre ses mains et c’est le début du royaume de Majorque.

Alphonse III le Libéral boute le dernier chef du califat, Abu Umar, hors de l'île et incorpore Minorque au royaume d'Aragon. La population musulmane minorquine est réduite à l'esclavage, déportée peu à peu, avant d'être remplacée par une population catalane. A partir de cette conquête, l'histoire de Minorque est intimement liée à celle de Majorque.

Minorque est rattachée au Royaume des Baléares. Jusqu’à sa mort, en 1276, le souverain Jacques I Le Conquérant contribuera avec succès au développement de l’économie des Baléares. A sa mort, il lègue Majorque à son fils cadet, Jacques II, avec le titre de roi des Baléares, tandis que l’aîné obtient le royaume d’Aragon. Avec ce partage, les îles constituent alors un royaume indépendant pour la dernière fois de leur histoire. Il le reste jusqu’en 1343, malgré les pressions de la branche aragonaise de la famille pour récupérer les Baléares. Ces tensions atteignent un premier sommet lorsque Sanche, fils de Jacques II et sans héritier mâle, désigne son neveu, le futur Jacques III, pour lui succéder, alors que l’Aragon réclame l’archipel. Le conflit est évité grâce au soutien qu’apporte la France à Jacques III mais, à l’avènement de Pierre IV d’Aragon, le conflit rebondit, et le royaume de Majorque est délaissé par le roi de France, plongé en pleine guerre de Cent Ans.

Après s’être assuré du soutien de la population locale par la promesse de maintenir tous ses privilèges, Pierre IV s’empare du royaume de Majorque en écrasant l’armée de Jacques III.

Au début du XV^e siècle, Minorque affronte une guerre contre les Allemands. Elle est également sujette à des luttes intestines entre deux classes de citoyens : ceux dits « nobles » et les « paysans ». Comme au temps des premières incursions arabes, la piraterie dévaste à nouveau l’archipel ce qui conduit à un dépeuplement quasi total de l'île. Au cours de la seconde moitié du XV^e siècle, du fait de l'union de la Couronne d'Aragon avec celle de la Castille, Minorque est incorporée au Royaume d'Espagne.

Au cours du XVI^e siècle, les incursions pirates dans les Baléares sont monnaie courante. En 1534, le pirate turc Barbarossa saccage ainsi la ville de Maó. En représailles de la conquête de Tunis par Charles Quint en 1535 (que l'Empire ottoman reprendra en 1574), des corsaires berbères attaquent également Minorque. Autre événement tragique resté dans les mémoires, l'invasion de Ciutadella par le pirate Mustafa PiSali le 9 juillet 1558. Ce dernier transforme la ville en un tas de ruines et fait 3 500 prisonniers qui sont réduits à l'esclavage.

Au début du siècle suivant, le roi Philippe II décide de la construction du fort Sant Felip à l'entrée du port de Maó, mais aussi d'un certain nombre de tours de défense sur la côte. Dans l'ensemble, le XVII^e siècle a été une période de déclin pour Minorque. La peste, la sécheresse, les incessantes menaces pirates et les luttes internes au sein même de l'île la fragilisent fortement.

Le XVIII^e siècle est une période tumultueuse de l'histoire de Minorque. L'île va tour à tour être colonisée par l'Angleterre et la France avant de passer sous domination franco-espagnole.

En septembre 1708, un escadron anglais sous le commandement du général Laeke parvient à ravir Minorque aux Espagnols. En 1713, le traité d'Utrecht entérine cette conquête : Philippe V cède Minorque à la Grande-Bretagne. Cette colonisation durera jusqu'en 1756.

Au tout début de la guerre de Sept Ans, la France et l'Angleterre se livrent une bataille pour le contrôle de l'île. Les Français remportent la bataille de Minorque (ou bataille du Port Maó) et conserveront l'île tout au long de la guerre. En 1763, avec la signature du traité de Paris, les Anglais récupèrent la mainmise sur Minorque (ainsi que sur l'Inde et le Canada), jusqu'en 1782. C'est la seconde phase de domination anglaise.

Les troupes franco-espagnoles, dirigées par le général Crillon, récupèrent Minorque. Mais les Anglais ne démordent pas et parviennent une troisième fois à occuper l'île, de 1798 à 1802, avant de la céder une bonne fois pour toutes à l'Espagne (traité d'Amiens). Au cours de deux premières périodes de l'occupation britannique, Sir Richard Kane, un militaire irlandais qui fut gouverneur de l'île, décida de déplacer la capitale de Ciutadella à Maó. Durant toute cette période, en raison du commerce avec l'Angleterre, l'économie de Minorque est en très bonne santé.

L’Espagne ne regagne la souveraineté de Minorque qu’en 1802 par le traité d’Amiens qui rendra les Baléares à l'Espagne.

Après la guerre opposant l'Espagne à l'empire de Napoléon, quantité de Catalans trouvent refuge sur l'île. Puis, dès 1825, en raison de très mauvaises récoltes et une forte mortalité du bétail en raison de la raréfaction des pâturages, de nombreux Minorquins émigrent. Ils émigrent vers l'Amérique du Nord, la Caraïbe ou l'Amérique du Sud, mais aussi et surtout vers l'Algérie.

Sous le règne d'Isabelle II, la forteresse de la Mola est édifiée à l'entrée du port de Maó. Assez vite, elle sera convertie en prison militaire, et ce jusqu'en 1968.

Pendant la guerre civile, entre 1936 et 1939, les militaires présents à Majorque et à Ibiza se rallient presque immédiatement au général Franco, seule Minorque reste fidèle aux républicains jusqu’à la Seconde Guerre mondiale. En février 1939, à la fin de la guerre, elle est reprise par les franquistes.

Après des années de semi-autarcie, le gouvernement espagnol franquiste accélère le processus d’ouverture et les premiers touristes arrivent dans les Baléares.

Minorque, bien qu'elle soit une destination de vacances depuis les années soixante, a toujours maintenu les autres secteurs économiques (industrie fromagère, de la chaussure et de la bijouterie) bien actifs. Le tourisme de masse y est arrivé plus tard qu'à Majorque et Ibiza. Un tourisme mieux maîtrisé à Minorque qu'ailleurs.

La fête de Sant Antoni, saint patron de l'île, devient la Fête du Peuple de Minorque.

Au début des années 1980, les îles connaissent une véritable révolution avec l’accession à l’autonomie – tant désirée par Minorque – et la création d’un gouvernement autonome des Baléares le 25 février 1983. Un parlement voit le jour. Régulièrement, depuis cette date, les électeurs baléares sont appelés aux urnes pour élire leurs députés. Un gouvernement est constitué, avec à sa tête un président : Gabriel Cañellas Fons.

Gabriel Cañellas i Fons fut le premier président de la Communauté autonome des Baléares, et ce jusqu’en 1995. Après de multiples réélections à ce poste (1987, 1991 et 1995), il est contraint de démissionner.

Minorque est déclarée Réserve de biosphère par l'UNESCO. Cela signifie une reconnaissance des valeurs et caractéristiques environnementales uniques de l'île, qui rassemble la plupart des écosystèmes méditerranéens et préserve également un riche patrimoine artistique et culturel.

Joana M. Barceló Martí prend la présidence du Conseil Insulaire de Minorque.

Après deux années difficiles, le tourisme repart à la hausse à Minorque et dans les trois autres îles, sans pour autant atteindre les très hauts niveaux de fréquentations pré-pandémiques. Le tourisme est tout de même devenu le principal moteur de l'économie de l'île, même si les secteurs de la chaussure et des bijoux ont été relancés. La production de fromage également tient bon malgré l'abandon ou la transformation de nombreux « llocs » (fermes) en hôtels ruraux de charme.

L'ensemble architectural talayotique de Minorque entre officiellement sur la liste du Patrimoine mondial de l'Unesco.