Situé à une altitude de 1 325 mètres, cette petite ville d'environ 36 000 habitants s'articule autour d'une colline centrale. Elle sconstitue le centre névralgique de la culture Ao, une tribu naga protestante qui fût la première du Nagaland à être évangélisée après l'arrivée du missionnaire américain Edwin W. Clark en 1872. L'histoire de Mokokchung est marquée par le massacre perpétré par l'armée indienne le 27 décembre 1994. Après une insurrection naga tuant un soldat, deux bataillons de l'armée attaqua les habitants du village en représailles, faisant 12 victimes, des disparus, violant plusieurs femmes et brûlant plusieurs commerces et maisons.