Le village de Froeningen faisait partie de la seigneurie d'Altkirch - comtes de Ferrette. De 1324 à 1648 date du traité de Westphalie, le village fut un fief mouvant des Habsbourg. Le château, cité dès 1312, fut incendié par les Suisses en 1468, rebâti à neuf au XVIIIe siècle, incendié à nouveau en 1739, reconstruit au début du XIXe, et détruit en 1917.

Froeningen apparaît sous la dénomination de Frenningen en 1920. Au XIXe siècle, Froeningen avait pour emblème une clé, transformée en blason et adopté officiellement en 1974 : " De gueules à la bande d'argent chargée d'une clé de sable, le panneton en chef à dextre ". Le village a longtemps été un lieu de pèlerinage pour son tableau des " 14 Saints Auxiliaires " et son église est dédiée à sainte Barbe.