Baltra est une petite île de 27 km². Au nord de l'île Santa Cruz et au sud de l'île Seymour Norte, c'est la principale porte d'entrée de l'archipel. Dans le sud de l'île se trouve le plus important aéroport des Galápagos, l'aéroport Seymour, qui permet de rejoindre facilement l'île centrale de Santa Cruz voisine. Pour rejoindre Santa Cruz, il faut traverser le canal de Itabaca à l'aide de navettes fluviales qui font le trajet en permanence. Paradoxalement, c'est la seule île de l'archipel à ne pas faire partie du parc national des Galápagos. Les iguanes marins et terrestres y prolifèrent en toute liberté, ils y sont d'ailleurs protégés.