La presqu'île, qui s'étire du nord au sud en face de Plaka et d'Elounda, est séparée de la côte par le canal de Poros. Ce sont les troupes d'occupation française qui ont creusé ce dernier à la fin du XIXe siècle. Face à Plaka, une puissante et superbe forteresse vénitienne, construite en 1579, protège l'accès du golfe. Malgré d'immenses efforts, les Turcs ne parvinrent jamais à l'occuper, et ce n'est que par traité que la forteresse tomba sous la domination de l'Empire ottoman en 1715, soit cinquante ans après le reste de la Crète. Redevenue crétoise en 1903 (par un curieux retournement de l'histoire, quelques familles turques y trouvèrent refuge par peur des représailles des chrétiens...), l'île de Spinalonga (qui fut surnommée alors l'île des Pleurs) devint, après le rattachement à la Grèce et jusqu'en 1957, une léproserie aux conditions humaines et sanitaires particulièrement lamentables.
Malgré des conditions de vie plus que difficiles, les lépreux de Spinalonga développèrent une résistance inouïe. Tous tentèrent peu à peu de redonner vie à l'île malgré leur isolement. C'est ainsi qu'ils ont exploité les systèmes d'irrigation mis en place par les Vénitiens, cultivé la terre, planté des vergers, construit des tavernes... Les historiens ont également révélé la naissance d'une vingtaine d'enfants sur Spinalonga et même quelques mariages. Dans les années 1930, on fait venir l'électricité sur l'île et on y construit un nouvel hôpital. Ce n'est qu'en 1957 que la léproserie ferme ses portes.
Elle peut aujourd'hui être visitée. Dans le cimetière de l'île, occupé exclusivement par des lépreux, vous verrez que ces malheureux avaient droit à des traitements différents : ceux qui touchaient une pension gouvernementale ont une stèle, ceux qui ont eu leur enterrement payé par la famille sont inhumés directement dans le sol et ceux qui n'avaient pas de revenus reposent dans la fosse commune.
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