La baie de Guaymas fut découverte au XVI^e siècle. Ce n'est qu'en 1701 que les pères jésuites Eusebio Kino et Juan Salvatierra y fondent une première mission dans le dessein d'évangéliser et de sédentariser les natifs de la côte continentale de la mer de Cortés : Seri, Guayma et Yaqui. Face à leur farouche résistance, la Couronne lance en 1767 une expédition militaire pour les soumettre. Déclarée ville en 1769, Guaymas est aujourd'hui le plus important port du Sonora, qui offre notamment un passage en ferry vers Santa Rosalia, en Basse-Californie. Guaymas comprend plusieurs baies, dont celle de Bacochibampo, la plus agréable pour les visiteurs.