La Encrucijada est constituée d'un ensemble d'estuaires déclarés réserve de la biosphère depuis 1995. Ils sont une étape primordiale sur la route migratoire des oiseaux depuis le Canada vers l'océan Atlantique. La réserve possède des mangroves de plus de 35 mètres de hauteur, considérées comme les plus hautes de la côte Pacifique du continent américain. Ici résident nombre d'espèces de mammifères (73), certaines en voie d'extinction : jaguar, cerf à queue blanche ou tamanoir (brazo fuerte) ; crocodiles et reptiles y évoluent comme à la maison (61 espèces), de même que des centaines d'oiseaux aquatiques (294 espèces, spatules roses et cigognes comprises).