Situé à près de 2 000 m d'altitude dans la vallée d'Oaxaca, Monte Albán fut durant plusieurs siècles la capitale de la civilisation zapotèque. Le site s'est développé en cinq grandes étapes, sur une période de 2 000 ans, à partir du début de l'occupation de la vallée d'Oaxaca (1000-300 avant J.-C). Comme dans toutes les villes, les nouveaux bâtiments s'érigent sur les anciennes fondations. C'est ainsi que Monte Albán I (500 avant J.-C.-100 avant J.-C) est suivi par Monte Albán II (100 avant J.-C. - 250 après J.-C), puis Monte Albán III (250-800 après J.-C.), époques durant lesquelles les Zapotèques construisirent la plupart des édifices que l'on observe aujourd'hui sur la Gran Plaza. Monte Albán IV (800-1325) correspond au déclin du site : le nombre d'habitants à Monte Albán diminua drastiquement, à mesure que surgissaient de nouveaux centres urbains dans les vallées voisines, qui contrôlaient de plus petits territoires (dont Yagul et Lambityeco, à proximité de Tlacolula). La région était alors en proie à l'expansion des Mixtèques qui investirent de leur autorité pendant la cinquième période (1325-1521), essentiellement afin de réaliser des rites funéraires et des cérémonies religieuses. Lorsque les conquistadors arrivèrent dans la vallée d'Oaxaca en 1521, l'ancienne capitale zapotèque avait déjà été abandonnée.