C'est sur cette île qu'arrivèrent les navires portugais en 1549, six ans après avoir atteint l'île de Tanegashima. En 1550, saint François-Xavier débarqua dans l'île après avoir été expulsé de Kagoshima. En 1584, les Portugais y installèrent un comptoir, suivis en cela par les Hollandais en 1609, et les Britanniques en 1613. En 1618, cette belle colonie d'aventuriers semait tant et si bien le trouble que les Japonais intervinrent pour rétablir l'ordre. En 1641, le shōgun intima aux Hollandais l'ordre de se replier sur Dejima. Dans la ville, le 18 août, ont lieu les danses Jangara Bon.