Villa Entre Lagos est née comme un petit pôle de services pour la zone agricole des alentours et comme port pour la navigation sur le lac Puyehue, avant que ne soient construits les chemins et les routes qui relient aujourd'hui les zones de peuplement de la région. L'événement majeur qui décida de l'essor de la ville fut l'installation de la Sociedad Maderera del Sur et le développement d'industries liées à la transformation du bois. Cela assura à la ville son statut de centre de la région et permit la création, en 1972, de la commune de Puyehue, avec pour capitale Entre Lagos. Ainsi la région gagna son autonomie administrative par rapport à Osorno.