Avec près de 70 000 km² de superficie, le lac Victoria est une véritable mer intérieure, grande comme les Pays-Bas et la Belgique réunis. Ce lac, considéré comme étant la source du Nil, est le plus grand lac d'Afrique et le second plus vaste lac d'eau douce du monde après le lac Supérieur en Amérique du Nord. Il se situe à 1 133 m d'altitude, sur un plateau séparant les failles est et ouest de la vallée du Rift, entre l'Ouganda, la Tanzanie et le Kenya. Contrairement aux autres lacs de la région, sa profondeur est faible, ne dépassant pas 85 m (contre près de 1 500 m pour le lac Tanganyika, en guise d'exemple). Chez les Baganda, le lac Victoria porte le nom de Nalubaale, " la maison des esprits ".

Les eaux du lac sont très poissonneuses et normalement riches d'une grande biodiversité. Par exemple, tapi dans la vase, le protoptère éthiopien est un dipneuste que d'aucuns qualifient de " fossile vivant ". Bien que pourvu de branchies, comme la plupart des poissons, il possède également des poumons pour inspirer et stocker l'air extérieur ; sa notoriété est également due à la taille de son génome qui compte, à ce jour, parmi les plus grands de tous les organismes vivants sur terre.

Pourtant, depuis le début de la colonisation, le lac Victoria cumule les problèmes menaçant sa biodiversité. Dans un premier temps, ses rives furent en partie asséchées pour créer des plantations de thé, de sucre et de café. Puis les industries qui se sont développées autour de ces activités agricoles y ont déversé eaux usées et pesticides. L'augmentation des populations sur les rives du lac a conduit à une pratique de pêche plus intensive et à l'épuisement des espèces indigènes, aggravé par l'introduction progressive de la perche du Nil. Ce monstre carnivore pouvant atteindre 2 m de long et excéder les 100 kg se nourrit de poissons plus petits qui se font de plus en plus rares dans les filets des pêcheurs locaux. Ainsi, la pêche industrielle à des fins exportatrices vers l'Europe se développe au détriment de la nutrition des populations riveraines. Parallèlement, la prolifération des jacinthes d'eau - qui ont, en quelques années, envahi le lac au point d'y asphyxier de nombreux organismes vivants (mais en favorisant les moustiques et les mollusques porteurs de la bilharziose) et d'empêcher la circulation des pirogues de pêcheurs - a largement contribué à la dégradation de l'écosystème lacustre. Plusieurs scientifiques estiment ainsi que toute vie pourrait avoir disparu du lac en 2050. Un programme (achevé fin 2017) de destruction de la jacinthe d'eau, soutenu par la Banque mondiale, a apporté des résultats positifs, mais les projets hydroélectriques et l'exploitation minière aux abords du lac, notamment celle des gisements aurifères en Tanzanie, sont autant de menaces pesant sur la bonne santé du lac Victoria et des populations riveraines en dépendant.

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