Bien avant l'arrivée des Espagnols en 1528, différentes ethnies peuplaient Davao et sa région : les Manobos, les Tagacaolos, les Guiangans, les Bilaans et les Aetas. Les Bagobos et les Mandayas occupaient toute la partie ouest. Davao vient du mot de la tribu des Bagobos, daba daba, qui signifie " le feu destiné aux rituels ", associé au nom dovoh, de la tribu des Guiangans.
La première colonie espagnole s'établit en 1591 à Caraga (Davao oriental). Les musulmans refusent cette autorité et se révoltent. En 1900, les Japonais occupent à leur tour la région et développent la plantation d'abacas, autour du golfe de Davao, encourageant la pêche et le commerce. Ils établissent leur ambassade, leur école, leur temple bouddhiste et leur journal. La ville prend le nom de Japan Kuo, " Petit Japon ". En mars 1937, le président Elpidio Quirino inaugure la ville de Davao. Celle-ci est prospère et attire, après la guerre, de nombreux émigrants de tout le pays et spécialement des Visayas, en quête de travail.
La ville devient pluriculturelle, réunissant des musulmans, Visayans, Tagalogs, Chinois, Japonais et Espagnols sur une même terre. En 1967, la région de Davao est divisée en trois provinces : Davao del Sur, Davao del Norte et Davao oriental.