El Mozote est hélas célèbre pour le massacre de la population du village perpétré en décembre 1981, durant la guerre civile, par le bataillon Cuzcatlan (force gouvernementale). 500 personnes ont péri lors de ce massacre qui ne fut pas le seul dans le pays mais qui a la particularité d'avoir principalement visé des enfants. Après ce massacre, les habitants survivants furent mobilisés par l'armée salvadorienne sur les zones côtières pour travailler dans les exploitations de coton. En 2002, le président Mauricio Funes a demandé pardon au nom de l'État : El Mozote est devenu " Bien culturel " et entretient le devoir de mémoire avec des statues et plaques.