La citadelle de Pujols a favorisé par sa situation exceptionnelle une implantation humaine dès l'époque gauloise. On y construisit une puissante forteresse aux Ve et VIe siècles pour lutter contre les invasions. Jusqu'au XIIIe siècle, Pujols est considérée comme étant l'une des plus importantes places fortes de l'Agenais. Elle échappera à la croisade dite des Albigeois. La citadelle sera rasée après le traité de paix de Meaux en 1229. Une nouvelle forteresse sera construite la fin du XIIIe. Elle sera vendue pierre par pierre vers 1830 afin de transformer l'ancienne abbaye d'Eysses en prison. Le village est classé " les Plus Beaux Villages de France ".
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