Les ruines de la première cité fondée sur le littoral Pacifique américain illustrent une histoire mouvementée, qui s'acheva tragiquement par sa destruction en 1671 par le corsaire Henry Morgan.

Nuestra Señora de la Asunción de Panamá fut fondée le 15 août 1519 par Pedrarías Dávila, moins de six ans après la découverte de la Mer du Sud par Vasco Nuñez de Balboa. Son nom viendrait soit des nombreux arbres dénommés ainsi (que l'on trouve toujours sur le site), soit du terme indigène qui signifie "  abondance de poissons  " ou "  de papillons  ". Le site, avec ses marécages, sa mangrove et le manque d'eau potable, n'était pas le meilleur pour s'installer ni pour assurer la protection de la ville. Qu'à cela ne tienne, les colons de Santa María la Antigua de Darién quittent leur bourgade atlantique pour s'établir sur cette côte bientôt rebaptisée pacifique, afin d'en faire le port de départ pour trouver la route de l'Orient et de ses îles à épices. Après quelques années, Francisco Pizzaro découvrit les richesses de l'Empire inca et Panamá devint ville de transit pour l'or, l'argent, les perles et pierres précieuses à destination de Nombre de Dios (puis Portobelo à la fin du XVI^e ) via le Camino Real (puis le Camino de Cruces), pour ensuite traverser les mers vers l'Espagne.

La cité devint un centre commercial, ecclésiastique et politique de premier ordre dans le système colonial. Après un tremblement de terre en 1621 et un grave incendie en 1644, le pire était à venir. La population était d'environ 8 000 personnes lorsque Morgan, à la tête de 1 200 hommes, attaqua Panamá le 28 janvier 1671. Ils prirent la ville par surprise après avoir détruit le fort de San Lorenzo, remonté le Río Chagres puis emprunté le Camino de Cruces. La défense mal organisée ne résista guère mais fit exploser la poudrière pour éviter les pillages. Seuls les faubourgs et les couvents de La Merced et San José furent épargnés. Morgan resta un mois avant de quitter la ville mise à feu et à sang, emportant les trésors et prisonniers qu'il put.

Les survivants subirent famine et épidémies pendant deux ans, avant que la nouvelle ville ne soit construite 8 km plus loin. Ce qui restait des édifices fut emmené pierre par pierre jusqu'à "  Panamá La Nueva  ". Heureusement, Panamá La Vieja, rattrapée par la ville moderne dans les années 1950, a été préservée et déclarée monument historique par le gouvernement panaméen en 1976 et inscrite en 1997 sur la liste du patrimoine mondial de l'Unesco.

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