La ville, fondée au milieu du XIX^e siècle sur l'ancienne piste de la tribu des Osage, tire son nom d'un révérend devenu aubergiste, John Baxter, qui avait réclamé les terres en 1850.

Au cours de la guerre de Sécession, le site de Baxter Springs (la ville n'exista officiellement qu'à partir de 1868) était défendu par plusieurs postes militaires nordistes, dont Fort Blair. Le 6 octobre 1863, un violent affrontement a lieu entre les soldats nordistes (pour la plupart afro-américains) et un groupe de rebelles sudistes lancé à l'attaque des fortifications. Après avoir été repoussés, les rebelles attaquent un convoi de chariots militaires qui s'approchait du fort dont ils n'avaient pu s'emparer. 103 Nordistes sont massacrés dans ce qui devint la bataille de Fort Blair, également appelée le " massacre de Fort Baxter " ou encore " la bataille de Baxter Springs ". En 1870, la demande de viande était devenue très importante dans le nord des États-Unis. La ville devint le terminus du Shawnee Trail qui permettait de conduire les bêtes du Texas au Kansas. La ville se développa de manière spectaculaire et, en 1875, sa population était estimée à 5 000 habitants. En même temps que certains colons construisaient des écoles et des églises, la ville devenait le lieu de rassemblements des cow-boys, avec l'ouverture d'écuries et d'hôtels mais aussi de saloons et de maisons closes. Toutefois, dès 1872, lorsque le chemin de fer relia directement le Texas au nord du pays, la ville commença à décliner. C'est la découverte du plomb et du zinc qui relança l'économie à la fin du XIX^e siècle.

C'est en 1926 que la rue principale de Baxter Street devint une partie de la Route 66, véritable lien routier entre Chicago et Los Angeles, et le début d'une nouvelle prospérité pour la ville. Si la fin de la Route 66 sonna également la fin de l'âge d'or de Baxter Springs, cette dernière reste cependant la ville la plus importante de cette partie de l'État. De passage sur la Route 66, on s'arrêtera au Visitor Center, installé dans une ancienne station essence de 1930, puis au 1101 Military Avenue devant le bâtiment (ex-Café on The Route) qui abrita la Croweld Bank que dévalisa Jesse James en 1876, avant de se rendre au Baxter Springs Museum, seul vrai site de visite de la ville aujourd'hui.

En avril 2014, Baxter Springs a été fortement endommagée par une tornade qui prit naissance près de Quapaw (Oklahoma), à quelques miles seulement au sud-ouest.

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