San Juan Chamula est connu pour sa résistance opiniâtre aux Espagnols, au clergé catholique et aux autorités extérieures à la commune en général. Les habitants fixent des règles très claires aux visiteurs : payer et ne surtout pas faire de photos !

Si l'église est au coeur de la vie du village, les Chamuliens observent leurs propres rites syncrétiques : ils adorent le soleil et considèrent que le Christ en est devenu une partie. Leur culte des saints s'accompagne de l'ingestion d'un alcool extrêmement fort distillé maison, le posh. L'intérieur de l'église diffère complètement de l'agencement catholique traditionnel, la disposition habituelle des bancs ayant été remplacée par un espace libre, où le sol est recouvert de branches de pins dont l'odeur se mêle à celle de l'encens et de la cire de centaines de bougies allumées. Les murs, le plafond, les statues, les reliquaires en verre, tout est noirci par la suie. Les Chamuliens observent leur culte par petits groupes, auprès d'autels soit déjà établis, soit spontanément créés à partir de cierges disposés en rectangle. Au centre sont placées des offrandes de nourriture ou de Coca-Cola. A la lumière des bougies et du soleil qui pénètre à l'intérieur de l'église, on peut voir s'élever d'épais nuages d'encens. Les adorateurs s'agenouillent, psalmodient et entonnent des chants qui semblent proches des mantras bouddhiques, tandis que le son des feux d'artifice tirés devant le bâtiment accompagne la cérémonie. Un sac rempli d'oeufs est destiné à libérer le bébé des mauvais esprits qui l'habitent, après quoi le sac sera jeté derrière l'église et son contenu nourrira les chiens du village. A noter que les familles sacrifient parfois des poules considérées comme des intermédiaires entre les vivants et les morts, pour purifier les mauvaises énergies. Âmes sensibles s'abstenir. Depuis les années 70, Chamula a été le théâtre de troubles importants. Plusieurs milliers de Chamuliens ont subi des représailles violentes en raison de leur conversion au protestantisme, et plus de dix mille ont été contraints de quitter leurs communautés pour cette raison. En juillet 2016, des affrontements ont éclaté en raison de protestations contre la gestion municipale, entraînant la mort de dizaines de personnes, y compris le maire du village. Malgré ces défis, des efforts sont en cours pour instaurer la paix et la réconciliation dans la communauté. Les visiteurs sont invités à être conscients de ces complexités lors de leur visite. Le village a également mis en place des programmes de formation pour les guides locaux, afin de fournir aux touristes des informations nuancées sur la culture et les croyances locales, rendant ainsi possible un tourisme à la fois enrichissant et respectueux.

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