Situé à la frontière avec la Haute-Garonne, en position dominante sur un côteau, Pujaudran était situé sur l'ancienne route reliant Bordeaux à Jérusalem, puis, au XIe siècle, le village est devenu une étape sur le chemin de Saint-Jacques-de-Compostelle. La cité se développe au Moyen Âge, avec l'édification d'une commanderie religieuse, d'une belle église et d'un hôpital. Les biens du clergé ont été vendus et dispersés à la Révolution. Pujaudran a longtemps été un lieu important de fabrication de tuiles canal, en raison des marnes argileuses qui constituent les sols de la commune. L'église et son clocher-mur sont inscrits aux Monuments historiques.