Le nom de la cité est lié à celui de la famille des Lévis et remonte au XIIIe siècle. En 1209, Guy de Lévis, originaire de la région parisienne, lieutenant du chef croisé Simon de Montfort lors de la croisade de sinistre mémoire contre les Cathares, reçut le fief de Mirepoix auquel le nom de la famille fut désormais associé. Il devint ensuite le maître d’une puissante seigneurie et fonda ainsi la lignée de Lévis-Mirepoix. En 1289, la ville fut emportée une seconde fois par une inondation catastrophique et reconstruite sur la rive gauche de l’Hers selon un plan en damier. Cette ancienne bastide reste remarquable par son architecture typique.