Déjà occupée au néolithique, Villeneuve-l’Archevêque fut probablement fondée au début du XIIe siècle, par un comte de Champagne. En 1172, la ville de Villeneuve-sur-Vanne était entre les mains de Guillaume aux Blanches Mains, puissant archevêque de Sens. Les archevêques qui lui succédèrent devinrent à leur tour les propriétaires de ces terres, jusqu’à la Révolution. A la fin du XIIIe siècle, le bourg fut désigné par le nom qu’on lui connaît aujourd’hui. En 1239, Saint Louis, accompagné de sa mère, la reine Blanche reçut la couronne d’épines du Christ, rapportée de Constantinople. L’année suivante, les moines de Pontigny passèrent par la ville en ramenant le corps de l’archevêque de Cantorbéry, le futur Saint-Edmé. Philippe le Hardi et, bien plus tard, Napoléon Ier, Joséphine et le pape passèrent par la ville. Charles IX y séjourna même quelques jours.