La ville est fondée aux portes du Morvan à la fin du Ier siècle avant J.–C. par la seule volonté de l’empereur Auguste, dont elle prit le nom : Augustodunum (« dunum » signifiant « lieu fortifié » en gaulois). « Sœur et émule de Rome », telle était sa vocation, et ces mots ornent toujours le fronton de l’hôtel de ville. Proche de Bibracte, capitale des Eduens, la ville est le symbole de la puissance et de la culture romaines. L’infrastructure de la ville a été réfléchie et mise en place bien avant l’implantation des maisons, des édifices publics, des temples et des stades. Située sur la voie Agrippa, point de convergence des bassins de la Loire, de la Saône et du Rhône, la cité devient vite prospère et atteint son apogée au IIe siècle. Puis s’ensuit un long déclin, ponctué de multiples invasions barbares. Déjà au IVe siècle, l’enceinte romaine était devenue trop vaste pour les habitants qui se regroupèrent à son extrémité sud, n’occupant jusqu’au XVIe siècle plus que 13 des 200 hectares de la ville initiale. Mais une nouvelle période de prospérité revient avec le Moyen Age, alors qu’Autun profite très tôt de sa position de siège épiscopal. Au XVe siècle, Nicolas Rolin, célèbre avocat Autunois, reçoit de Philippe le Bon la charge suprême de chancelier de Bourgogne. Mécène, on lui doit la construction des célèbres hospices de Beaune, de la collégiale Notre-Dame du Châtel à Autun (disparue) et l’embellissement de son hôtel abritant aujourd’hui un musée qui porte son nom. Son fils, le cardinal Jean Rolin, évêque d’Autun, poursuivit cette œuvre en achevant, entre autres, la cathédrale Saint-Lazare, faisant de la ville un grand centre religieux. Puis c’est au tour de Bussy-Rabutin, de l’évêque Gabriel de Roquette et de son successeur Talleyrand de prendre la relève. Au XVIIIe siècle, Autun occupe la deuxième place des villes bourguignonnes. Au XIXe siècle, la ville s’industrialise et commence l’exploitation des schistes bitumeux dont on extrayait de « l’huile » bien avant l’exploitation des champs pétrolifères du Nouveau Monde.
Les deux terrils des Télots marquent encore aujourd’hui le paysage de leurs imposants monticules. Parallèlement, l’industrie du meuble est florissante. Mais la Première Guerre mondiale puis la seconde entraînent une crise économique sans précédent. Après cette période difficile, Autun sut créer et attirer d’autres industries et utilisa son patrimoine riche et exceptionnel pour développer son activité touristique. Aujourd’hui, l’unique ville gallo-romaine de Bourgogne tire sa richesse de ses 2 000 ans d’existence et, loin de s’endormir sur ses lauriers, entreprend le nouveau millénaire avec dynamisme.