Des trains à destination des villes lituaniennes de Kaunas, Klaipėda et Trakai partent chaque jour, de même qu’à destination de Minsk, Varsovie, Rīga, Saint-Pétersbourg, Moscou et Kaliningrad. Il est possible de rejoindre en train Vilnius au départ de Paris, via Berlin et Varsovie, pour ceux qui ont un peu de temps. Toutes les connexions intérieures sont gratuites pour les enfants de moins de 7 ans.
Ignalina : tous les jours, 5 fois par jour – 1 heure 40 de trajet – 14 Lt.
Kaunas : tous les jours, 16 fois par jour – de 1 à 1 heure 30 heure de trajet – entre 16,30 et 18 Lt.
Klaipėda : tous les jours, 2 fois par jour – 4 heures 30 de trajet – 51,20 Lt.
Trakai : tous les jours, 5 fois par jour – 40 minutes de trajet – 6,20 Lt.
