Sa construction commença en 1508 et ne se termina qu'en 1606. Les bâtisseurs mirent un siècle pour construire cette église, ce qui explique qu'on trouve plusieurs styles dans ce bâtiment : à côté du style gothique tardif apparaissent certains traits caractéristiques du gothique basque. Extérieurement, Notre-Dame-du-Juncal se présente comme une masse de pierres de taille, qui s'appuie sur de massifs contreforts. Elle est dépourvue de toute ornementation, excepté le porche d'entrée baroque, du XVIIe siècle, et plusieurs gargouilles se détachent sur le ciel. C'est un édifice de surface rectangulaire, à  trois nefs et une abside, la partie la plus ancienne où l'on peut apprécier des éléments gothiques sur les colonnes adossées aux murs. Le retable baroque de l'autel fut dessiné par Barnabé Cordero, de Madrid, et les sculptures exécutées par Juan Bascardo de Andoain, au milieu du XVIIe siècle. Les dorures ne furent achevées qu'un siècle plus tard. Une statue romane de la Vierge du Juncal domine le retable, la statue la plus ancienne que l'on connaisse en Guipúzcoa. Notre-Dame-du-Juncal a été inscrite comme monument historique national en juin 1973.
