L’église et le couvent furent construits vers 1510 par les missionnaires de l’ordre de Santo Domingo, sous la direction du moine Pedro de Cordoba. Le 28 octobre 1538, le couvent devenait le siège originel de la première université du Nouveau Monde avec l’autorisation du pape Paul II. Il prit le nom de Saint-Thomas-d’Aquin, et porte aujourd’hui celui d’université autonome de Santo Domingo. C’est là aussi que fut délivré le fameux sermon de frère Antonio de Montesino (« Je suis la voix qui clame dans le désert »), qui réclamait un traitement plus humain pour les indigènes. A l’intérieur de l’église, croix latine de style baroque, on peut voir de magnifiques retables. Des cinq chapelles latérales se détachent la chapelle du Zodiaque qui se situe à la droite du grand autel et la chapelle du Rosario abondamment décorée dans le style plateresque.

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